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Academic Year/course: 2019/20

547 - Master's in Biomedical Engineering


Syllabus Information

Academic Year:
2019/20
Subject:
69324 - Scientific visualization and representation techniques
Faculty / School:
110 - Escuela de Ingeniería y Arquitectura
Degree:
547 - Master's in Biomedical Engineering
ECTS:
3.0
Year:
1
Semester:
Second semester
Subject Type:
Optional
Module:
---

1. General information

2. Learning goals

3. Assessment (1st and 2nd call)

4. Methodology, learning tasks, syllabus and resources

4.1. Methodological overview

The methodology followed in this course is oriented towards achievement of the learning objectives. A wide range of teaching and learning tasks are implemented, such as lectures, student participation, computer lab sessions for data visualization, autonomous and continuous work, practical tasks and research assignments, usually related with the student's PhD work.

4.2. Learning tasks

The course includes the following learning tasks:

  • A01 Lectures (16 hours). The main course contents are presented and discussed, always using example problems related to Bio-Engineering. Student participation is encouraged.
  • A03 Computer lab sessions (10 hours). Lab sessions are carried out in between lectures, in the same classroom. The students develop the theoretical concepts with the use of computer applications specifically designed for data visualization. Students use their own computers/laptops with software supplied by the theacher. Only free or public sofware is used.
  • A05 Assignment. Development of a practical assignment, more complex than the ones done lab sessions that students can solve individually or in pairs. Ir requires a written report and a public presentation.
  • A06 Tutorials. Students may ask any questions they have about unclear contents of the course, lab sessions or assignments.
  • A08 Assessment. The students will take an exam, and submit several reports derived from the computer lab sessions and from the practical assignment.

4.3. Syllabus

The course will address the following topics:

Theory

  1. What is really Data Visualization?
  2. What are Computer Graphics?
  3. Basic Data representation and modelling
  4. Data Visualization Algorithms
  5. Visualization in Biomedic Engineering

Practice

  1. Three-dimensional data processing
  2. Interactive applications for scientific data visualization: Paraview
  3. Interactive applications for medical data visualization: 3DSlicer
  4. Intro to specific application development: VTK

4.4. Course planning and calendar

Further information concerning the timetable, classroom, office hours, assessment dates and other details regarding this course, will be provided on the first day of class or please refer to the EINA website.

 

4.5. Bibliography and recommended resources

http://biblos.unizar.es/br/br_citas.php?codigo=69324&year=2019


Curso Académico: 2019/20

547 - Máster Universitario en Ingeniería Biomédica


Información del Plan Docente

Año académico:
2019/20
Asignatura:
69324 - Técnicas de visualización y representación científica
Centro académico:
110 - Escuela de Ingeniería y Arquitectura
Titulación:
547 - Máster Universitario en Ingeniería Biomédica
Créditos:
3.0
Curso:
1
Periodo de impartición:
Segundo semestre
Clase de asignatura:
Optativa
Materia:
---

1. Información Básica

1.1. Objetivos de la asignatura

La asignatura y sus resultados previstos responden a los siguientes planteamientos y objetivos:

El mundo de la Visualización de datos consiste en la transformación de magnitudes en imágenes, con objeto de utilizar el sentido más potente que tiene el ser humano para analizar la información. ¡El sentido de la vista! 

Planteamientos: 

  • Definir en qué consiste la visualización de datos.
  • Presentar la epistemología del mundo de la Informática Gráfica
  • Analizar las posibles estructuras topológicas, geométricas y atributos de las representaciones de datos.
  • Describir de forma amplia y con numerosos ejemplos los algoritmos de visualización. 

Objetivos: 

  • Que el estudiante conozca los conceptos indicados.
  • Que el estudiante sepa analiza, plantear y resolver un problema de visualización concreto.
  • Que el estudiante se ejercite en el desarrollo de actividades de forma individual y en equipo
  • Que el estudiante realice todas las actividades propuestas

1.2. Contexto y sentido de la asignatura en la titulación

Esta asignatura optativa pertenece al conjunto de saberes y disciplinas enmarcadas dentro de las Tecnologías Horizontales, que pueden servir a las dos especialidades del máster. Entendiendo que las técnicas expuestas en esta asignatura se apoyan en el uso exhaustivo de herramientas informáticas.

1.3. Recomendaciones para cursar la asignatura

Los profesores encargados de la impartición de la asignatura pertenecen al Area de Lenguajes y Sistemas (LSI) del Departamento de Informática e ingeniería de Sistemas (DIIS).

No se requiere haber cursado ningua asignatura previa en el máster.

Esta asignatura requiere para su superación: 

  1. Estudio de los conceptos teóricos.
  2. Asistencia y realización de los ejercicios planteados en las clases prácticas.
  3. Superación de un ejercicio escrito relacionado con los conceptos teóricos.
  4. Resolución tutorizada de un problema de visualización práctico.

2. Competencias y resultados de aprendizaje

2.1. Competencias

Al superar la asignatura, el estudiante será más competente para...

Poseer y comprender conocimientos que aporten una base u oportunidad de ser originales en el desarrollo y/o aplicación de ideas, a menudo en un contexto de investigación (CB. 6)

Que los estudiantes sepan aplicar los conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio (CB.7)

Que los estudiantes sean capaces de integrar conocimiento y enfrentarse a la complejidad de formular juicios a partir de una información que, siendo incompleta o limitada, incluya reflexiones sobre las responsabilidades sociales y éticas vinculadas a la aplicación de sus conocimientos y juicios (CB.8)

Que los estudiantes sepan comunicar sus conclusiones y los conocimientos y razones últimas que las sustentan a públicos especializados y no especializados de un modo claro y sin ambigüedades (CB.9)

Que los estudiantes posean las habilidades de aprendizaje que les permitan continuar estudiando de un modo que habrá de ser en gran medida autodirigido o autónomo (CB.10)

Poseer las aptitudes, destrezas y método necesarios para la realización de un trabajo de investigación y/o desarrollo de tipo multidisciplinar en cualquier área de la Ingeniería Biomédica (CG.1)

Ser capaz de usar las técnicas, habilidades y herramientas de la Ingeniería necesarias para la resolución de problemas del ámbito biomédico y biológico (CG.2)

Ser capaz de comprender y evaluar críticamente publicaciones científicas en el ámbito de la Ingeniería Biomédica (CG.3)

Ser capaz de aprender de forma continuada y desarrollar estrategias de aprendizaje autónomo (CG.4)

Ser capaz de gestionar y utilizar bibliografía, documentación, legislación, bases de datos, software y hardware específicos de la ingeniería biomédica (CG.5)

Ser capaz de analizar, diseñar y evaluar soluciones a problemas del ámbito biomédico mediante conocimientos y tecnologías avanzados de biomecánica, biomateriales e ingeniería de tejidos (CO.3)

2.2. Resultados de aprendizaje

El estudiante, para superar esta asignatura, deberá demostrar los siguientes resultados...

Conocer con claridad la estructura lógica del paradigma de visualización de información propuesto por la Informática Gráfica.

Conocer el tipo de soluciones más adecuadas a la hora de visualizar datos escalares, vectoriales, tensoriales, ...

Aprender a plantear soluciones adecuadas a problemas de visualización de mallas con varios tipos de atributos diferentes en cada nodo del espacio.

Adquirir la experiencia de trabaja en grupos pequeños, y partiendo de un ejercicio marco proporcionado por el profesor, sabe modificarlo de forma adecuada, y es capaz de resolver problemas de visualización de datos científicos, fundamentalmente biomédicos.

2.3. Importancia de los resultados de aprendizaje

El desarrollo actual de muchas actividades relacionadas con el mundo de la Biomedicina, requiere de forma inevitable de la utilización de herramientas informáticas que permitan la visualización de los datos obtenidos del análisis de un fenómeno o de una simulación para poder avanzar en el desarrollo de sus proyectos. 

La importancia de los resultados de aprendizaje de esta asignatura radica, en que se describen de forma completa tanto las estructuras espaciales de los datos que aparecen normalmente así como los algoritmos habituales que subyacen en la mayoría de las herramientas informáticas relacionadas con el mundo de la visualización de datos científicos.

3. Evaluación

3.1. Tipo de pruebas y su valor sobre la nota final y criterios de evaluación para cada prueba

El estudiante deberá demostrar que ha alcanzado los resultados de aprendizaje previstos mediante las siguientes actividades de evaluacion

  • E1: Examen final (30%).

Examen escrito, con puntuación de 0 a 10 puntos, común para todos los grupos de la asignatura. La prueba constará de cuestiones téorico-prácticas: 100% de la nota del examen final, y duración estimada 1h.

El alumno ha de obtener una puntuación mínima total de 5.0 puntos sobre 10 en el examen final.  Se dispondrá de una prueba global en cada una de las convocatorias establecidas a lo largo del curso, en las fechas y horarios determinados por la Escuela.

  • E2: Trabajos práctico tutorizado (30%).

Puntuación de 0 a 10 puntos. En la evaluación del  trabajo tutorizado propuesto a lo largo del cuatrimestre se tendrá en cuenta tanto la memoria presentada, como la idoneidad y originalidad de la solución propuesta. 

  • E3: Prácticas de laboratorio (40%).

Puntuación de 0 a 10 puntos. La evaluación de las prácticas se realizará a través de los informes presentados en las mismas, así como del trabajo realizado en el laboratorio.

4. Metodología, actividades de aprendizaje, programa y recursos

4.1. Presentación metodológica general

El proceso de aprendizaje se desarrollará en varios niveles:

  • clases magistrales en las que se presentarán los conceptos teóricos necesarios y se fomentará la participación del alumno
  • clases prácticas de ordenador, aplicando los conceptos vistos en teoria al uso de aplicaciones diseñadas especificamente para la visualización de datos
  • realización de actividades y trabajos prácticos de mayor envergadura que las practicas, donde se pueden aplicar las técnicas aprendeidas en ellas
  • aplicación de las herramientas a la solución de problemas reales relacionados con la investigación de los propios estudiantes

La metodología que se propone trata de fomentar el trabajo continuado del estudiante.

4.2. Actividades de aprendizaje

El proceso de aprendizaje que se ha diseñado para esta asignatura se basa en las siguientes actividades:

A01 Clase magistral participativa (16 horas).Exposición por parte del profesor de los principales contenidos de la asignatura, ejemplificando siempre con problemas relacionados con la bioingeniría. Esta actividad se realizará en el aula de forma presencial. 

A03 Prácticas de laboratorio. (10 horas).Dichas prácticas guiadas se realizarán en el aula, basadas en el uso de los equipos de los estudiantes, en sesiones de 2 horas, con software libre proporcionado por los profesores. 

A05 Realización de un trabajo práctico tutorizado de aplicación, propuesto a cada estudiante o grupo de dos estudiantes. Su defensa será oral y pública. Al final entregará(n) un documento y la presentación utilizada. 

A06: Tutoría. Horario de atención personalizada al alumno con el objetivo de revisar y discutir los materiales y temas presentados en las clases tanto teóricas como prácticas. 

A08: Evaluación. Conjunto de pruebas escritas teórico-prácticas y presentación de informes o trabajos utilizados en la evaluación del progreso del estudiante. El detalle se encuentra en la sección correspondiente a las actividades de evaluación

4.3. Programa

El programa que se ofrece al estudiante para ayudarle a lograr los resultados previstos comprende las siguientes actividades...

 Parte Teórica:

  • ¿En qué consiste la visualización de datos?
  • ¿Qué es la informática gráfica?
  • Representaciones básicas de datos
  • Algoritmos fundamentales
  • Visualización en biomedicina

Parte práctica:

  • Procesado de datos 3D
  • Aplicaciones interactivas para visualización de datos generales: Paraview
  • Aplicaciones interactivas para visualización de datos médicos: 3DSlicer
  • Introducción al desarrollo de aplicaciones específicas: VTK

4.4. Planificación de las actividades de aprendizaje y calendario de fechas clave

Calendario de sesiones presenciales y presentación de trabajos

El calendario de la asignatura, tanto de las sesiones presenciales en el aula como de las sesiones de laboratorio, estará determinado por el calendario académico que el centro establezca para el curso correspondiente. El calendario de presentación de trabajos se anunciará convenientemente al inicio de la asignatura.

La asignatura se imparte en cuatrimestre de primavera.

Entre las principales actividades previstas se encuentran la exposición de los contenidos teóricos, el planteamiento y resolución de problemas, la realización de las prácticas propuestas y la superación de las pruebas de evaluación.

Las fechas de inicio y fin de las clases teóricas y de problemas, así como las fechas de realización de las prácticas de laboratorio y las pruebas de evaluación global serán las fijadas por la Escuela de Ingeniería y Arquitectura y publicadas en la página web del máster (http://www.masterib.es). Las fechas de entrega y seguimiento de los trabajos prácticos tutorizados se darán a conocer con suficiente antelación en clase y en la página web de la asignatura en el anillo digital docente, https://moodle.unizar.es/ (o bien en el servidor Alfresco del Máster).

4.5. Bibliografía y recursos recomendados

http://biblos.unizar.es/br/br_citas.php?codigo=69324&year=2019